Biomedische informatiebronnen (E06E2A)

Uit WikiMedica
Ga naar: navigatie, zoeken



Algemeen

Het opleidingsonderdeel 'Biomedische informatiebronnen' maakt deel uit van de lijn 'Wetenschappelijk onderzoek'. Tijdens de onderwijsleeractiviteiten “bioinformatica” en “bioinformatica : werkzittingen” leer je basistechnieken in informatietechnologie (IT) en krijg je een inleiding tot de opslag en verwerking van biologische gegevens. Tijdens de onderwijsleeractiviteit 'Inleiding tot de literatuur' leer je relevante wetenschappelijke informatie op te zoeken, deze te interpreteren en te beoordelen. Zo bereid je je voor op latere opleidingsonderdelen binnen de lijn 'Wetenschappelijk onderzoek'.


Examenvorm

  • Bio-Informatica: Studiemateriaal voor het open boek examen : slides van de les, nota's van de les, oplossingen van oefeningen van de les (screenshots). Instant messaging, emails, usenet postins, etc zijn niet toegestaan.
  • Inleiding tot biomedische literatuur: De beoordeling gebeurt met pass/fail.


Bestanden

Bestanden

LEES EERST HIER HOE JE BESTANDEN MOET UPLOADEN! Je moet ook een account hebben.

(Klik hier om bestanden toe te voegen.)

Bioinformatica 1112 

Mijn Studentencursus_2012


Examenvragen

(Klik hier om examenvragen toe te voegen.)

Examenvragen Bioinformatica 2016 - 2017

Bio-Informatica Juni 2015 (S. Aerts)

Examenvragen Bioinformatica 15-16

Examenvragen '11 - '12

12 JUNI

Een script in Python schrijven waarbij de gebruiker de vraag krijgt om een RNA sequentie in te geven. Indien De gebruiker 'T' ipv 'U' gebruikt moet dit gemeld worden. En het programma moet moleculair gewicht kunnen berekenen van gegeven sequentie.2. Een refseq id is gegeven en je moet bijkomende info opzoeken (via pubmed, GO, Uniprot/Swissprot) + geneID erop toepassen en de intersecties kunnen bespreken.


14 JUNI VM

  1. Je moest vanuit 1 NM_XXXX nummer het gen vinden en dan organisme waar het bij hoort, ID, uniprot etc.. Dat gen opzoeken in genome browser en dan met geneid custom track aanmaken enz..
  2. Je krijgt een .py scriptje waar je de fout uit moet halen
  3. Oefening met SQL in table browse


15 JUNI VM

  1. Je krijgt een lijst met HGCN symbolen, deze moet je omzetten naar uniprot/swissprot. Zeggen waarvoor E2F1 belangrijk is (staat in de uniprot/swissprot lijst). Dan moet je de HGCN symbolen omzetten naar de muis orthologen en deze dan uiteidenlijk omzetten naar MGI symbolen. Telkens zeggen hoeveel unieke resultaten er zijn.
  2. kijken naar de promotor van E2F1 en kijken of deze aan autoregulatie doet via regulatietracks (er was gegeven welke tracks je aan moest zetten). Dan het 5UTR uiteinde +1000 bp upstream downloaden, dan was er een bepaalde sequentie gegeven, er mocht maximaal 1 mismatch zijn, en dan via ssh bepalen hoeveel bindingsplaatsen er zijn. Deze dan terug uploaden als een custom track. En dan een PPV doen van de custom track en een van de geven tracks als intersect.
  3. Leg bepaalde linux commando's uit: drie kleine commando's en dan een heel lang groot commando


15 JUNI NM

  • Sequentie van chromosoom 21, pas geneid toe in linux, upload custom track (via excel enzo) in uscs.
bereken nu sensitiviteit en ppt
doe hetzelfde maar met cpg eilanden, dus via cpgplot in linux
  • apln gen (weet de naam niet meer zeker) van de vlieg drosophila melongaster. aantal transcripten? biochemische activiteit? genlocatie?
homeobox zoeken via linux (je krijgt een ps nummer)
homoloog gen zoeken
  • Een gegeven python script --> zeggen wat het programmatje doet en vereenvoudigen


19 JUNI VM

  1. Gen gegeven: bij welk orgaan helpt het in ontwikkeling, welke GO annotatiehoort erbij. Hoeveel genen geassocieerd ermee bij de mens ?Hoeveel transcripten en hun ID’s. Een ID kiezen om mee verder te werken. Genbankformaat van downloaden. De features van zoeken op 2 manieren en tellen.Homeoboxen zoeken via Linux en via Uniprot. Kijken of overeenkomt en toevoegen in jouw Genbank/Uniprot formaat
  2. Lange sequentie gegeven. Via geneid zoeken welk gen erbij hoorde. Erna sequentie als custom track toevoegen en kijken of overeenkomt met jouw voorspelde gen. Omdat sequentie zo lang was moest je stukje van begin en van einde als customtrack toevoegen zodat je begin en eindpositie wist. En nog klein vraagje.