Methoden in het biomedisch onderzoek (E08C1C)

Uit WikiMedica
Ga naar: navigatie, zoeken



Algemeen

Het doel van deze cursus is om de chemische en fysische concepten en begrippen te leren gebruiken op het niveau van de experimentele methodologie. Dit vereist enerzijds een korte opfrissing van de basisconcepten en vervolgens een uitdieping van de toepassing van deze concepten in een reeks geselecteerde experimentele methoden. Deze selectie is uiteraard beperkt en richt zich hoofdzakelijk op toepassingen in de celbiologie. Het betreft vooral basistechnieken die frequent gebruikt worden in het celbiologisch onderzoek.

Hierbij zal vooral getracht worden om: (1) de conceptuele overgang te maken tussen fundamentele chemische en fysische parameters enerzijds en hun kenmerken en invloeden op cellulair niveau anderzijds; (2) de strategische keuze en criteria te verduidelijken voor welbepaalde experimentele methoden in het celbiologisch onderzoek.


Examenvorm

Het examen bestaat uit een mondeling gedeelte op 12/20 en een schriftelijk gedeelte (meerkeuze met giscorrectie) op 8/20.

Bestanden

LEES EERST HIER HOE JE BESTANDEN MOET UPLOADEN! Je moet ook een account hebben.

(Klik hier om bestanden toe te voegen.)

Antwoorden van prof

Inhoudstafel


Examenvragen

(Klik hier om examenvragen toe te voegen.)


Examenvragen 2017 - 2018

Examenvragen - Methoden in het biomedische onderzoek - 2017 - 2018

Examenvragen 2016 - 2017

File:Examenvragen methoden '16-'17.docx

Examenvragen 2015 - 2016

Methoden in het Biomedisch Onderzoek Januari 2016

21/01 VM

1. leg confocale microscopie en 2 photon microscopie uit 2. geef 3 methoden uit voor de kwantificatie en identificatie van eiwitten 3. je hebt een transgene, overexpressie van een transciptiefactor (SREBP ofzoiets), iets van parkingson en je moet nagaan of deze overexpressie het fosfolipiden metabolisme beïnvloed en hoe dit het fosfolipiden metabolisme beïnvloed.

23/01 VM

1. leg celculturen en de voor en nadelen uit ivm het biomedisch onderzoek. 2. geef en vergelijk 3 methoden om specifiek mRNA van 1 gen op te sporen. (Q-RT-PCR, northern blot en in situ hybridisatie) 3. Je hebt een staal van iemand met prostaat kanker. Hoe ga je een verschil in eiwit expressie tussen ziek en gezond weefsel opsporen. Het eiwit dat het meest tot expressie komt hoe kan je uitzoeken of dit belangrijk is voor tumor groei?

23/01 NM

1. bespreek PCR screening van DNA banken 2. bespreek en vergelijk methoden om de 3D structuur van eiwitten te bestuderen 3. er is een nieuwe overerfbare ziekte waarbij er een verhoogde angiogenese optreed. Bespreek hoe je kan onderzoeken wat er juist mis is.

28/01 NM

1. RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism): principe, beperkingen. Een toepassing geven. 2. 3 technieken voor vergelijkende transcriptoomanalyse geven en vergelijken 3. Je hebt een chemisch molecule dat bindt in hydrofobe pocket van eiwit Thalasso. Het eiwit Thalasso is belangrijk voor celmigratie. Je wil een molecule ontwikkelen dat nog beter bindt en dat de migratie van kankercellen blokkeert. Hoe ga je te werk?

MKZ

vraag ivm OD en contaminatie vraag over MAPPIT wat dit juist is welk platform gebruik je voor sequencing van een nieuw genoom (dus als er nog geen beschikbaar is om tegen te mappen) waarvoor wordt massArray sequencing gebruikt een vraag over chipseq bij welke microscoop gebruik je een wollaston prisma vraag over DNAse-seq welk NGS gebruik je niet voor resequencing? wat onderzoek je met de tunel methode? iets over chemische sequentiebepaling van DNA vraag over edysoneregeling vraag over injection charge device met welke website kun je alle informatie over 1 gen verkrijgen?

Examenvragen 2014 - 2015

Examenvragen januari 2014

Examenvragen 2012-2013

H. De Smedt

  1. Leg uit TIR en pas toe op TIRF en SPR
  2. Vergelijk de opstelling voor een 'Single Beam' en 'Double beam' spectrofotometer en een spectrofluorometer. (tekenen!!)Bespreek de componenten.
  3. Leg FRET uit (principe, voorwaarden, ...). En gevoeligheid voor Ca, protease en cAMP. Wat is het verschil tussen FRET en BRET. Welk voordeel heeft BRET ten opzichte van FRET??
  4. Schema geven van transport van D-glucose van lumen darm, door epitheelcel naar bloed. wat is secundair actief transport? Als je een gemerkt H3-D-Glucose zou toedienen en je op de steady-state achtereenvolgens stalen zou nemen uit darmlumen, epitheelcel en bloedvat. Waar zou je dan het meeste gemerkte glucose hebben?
  5. a) Leg aan de hand van een schema uit hoe de combinatie van patch-clamp en fluorescentiemeting gebruikt kan worden. b) Hoe kunnen we het fusioneren van vesikels met de membraan meten?
  6. a) Beschrijf de experimentele procedure en calibratie van een meting van hormoon-geïnduceerde Ca2+ stijging met Fura-2 als indicator. b) Fura-2 is een ratiometrische indicator. Wat betekent dit en wat zijn de voordelen?
  7. Bespreek het gebruik van GFP en zijn derivaten bij eiwit-interacties bij fluorescentiecomplementatie, FRET en BRET.
  8. Clark O2 elektrode: schema tekenen, principe en calibratie geven.
  9. Bespreek het verschil tussen patch elektrode en microelektrode. Geef de verschillende configuraties voor patch elektrode. Bespreek enkele toepassingen waarbij patch elektrode gebruikt wordt.
  10. Bespreek conventionele epifluorescentie microscopie, confocaal microscopie en multifoton absorptie. Geef voor- en nadelen voor elke vorm.

J. Swinnen

  1. Bespreek Semi-Ionconductor sequencing en zijn toepassing in NGS.
  2. Noem 2 methoden om proteinen te kwantificeren.
  3. Je kent de sequentie van een gen dat tot overexpressie komt in tumore cellen. Hoe kan je aantonen dat het gen tumor groei veroorzaakt.
  4. Geef 2 methoden om een puntmutatie aan te brengen in een specifiek gen.
  5. Geef de mogelijkheden en problematiek in verband met het gebruik van humane celculturen als modelsysteem in biomedisch onderzoek.
  6. De promotor wordt gekloneerd van een gen. Deze promotor vervat mogelijk een bindingsplaats voor HIF1 transcriptiefactor. Je wil aantonen of de transcriptiefactor HIF1 dit gen effectief regelt. Welke methoden gebruik je en wat zijn je opeenvolgende stappen?
  7. Bespreek en vergelijk 3 methoden om DNA te concentreren.
  8. Geef het principe van sequencing by ligation. Welke mogelijkheden en beperkingen treden hier op? Hoe wordt dit toegepast op het platform van next generation DNA sequencing?
  9. De eerste 20 AZ van een eiwit zijn gekend. We willen weten wat de sequentie is van het volledige eiwit en nagaan welke andere eiwitten hier mee interageren. Welke methoden worden gebruikt en welke concrete stappen ga je ondernemen?
  10. PCR-screening
  11. Geef enkele methoden van Next-next generation sequencing. Wat onderscheidt dit van Next-generation sequencing?
  12. Je hebt het 3'-ORF dat codeert voor een eiwit. Hoe bekom je de 3D-structuur van dit eiwit en welke concrete stappen voer je hiervoor uit?
  13. Bespreek pyrosequencing. Geef mogelijkheden en beperkingen. Hoe wordt dit toegepast in next generation sequencing?
  14. Geef 2 methoden om metabolomics te bestuderen en vergelijk t.o.v. elkaar.
  15. Je hebt promoter gekloneerd en wilt nagaan of een bepaalde transcriptiefactor het gen bindt en de expressie ervan regelt. Welke stappen onderneem je?

Examenvragen voor '12

Examenvragen_Methoden_De_Smedt

Examenvragen_Methoden_Swinnen