Toegepaste Biostatistiek (E09Y3A)

Uit WikiMedica
Ga naar: navigatie, zoeken


Algemeen

Op het einde van de lessenreeks zou de student in staat moeten zijn om:

- Biomedische onderzoeksvragen te linken aan de geschikte statistische data analyse tools - De beperkingen en de sterke punten van een methode te begrijpen - Correct data analyses te interpreteren en te raporteren, zowel in statistische termen als rekening houdend met de onderliggende onderzoeksvraag. - Statistische methoden/output gebruikt in biomedische literature te lezen en begrijpen

Examenvorm

Type : Partiële of permanente evaluatie met examen tijdens de examenperiode Evaluatievorm : Schriftelijk, Take-home Vraagvormen : Meerkeuzevragen, Open vragen, Gesloten vragen Leermateriaal : Formularium, Rekenmachine

- 4/20 punten betreft een groepswerk (2 persons) waarbij software dient toegepast te worden op een gegeven dataset. Het betreft een geschreven project

 met geen mondelinge verdediging (deadline in November-December, exacte datum wordt gecommuniceerd via toledo).

- 16/20 punten betreft een schriftelijk gesloten boek examen: oefeningen (2/3de) en theorie (1/3de). Tabel met formules mag gebruikt worden.

Bestanden

LEES EERST HIER HOE JE BESTANDEN MOET UPLOADEN! Je moet ook een account hebben.

(Klik hier om bestanden toe te voegen.)

Toegepaste biostatistiek uitgeschreven 20170811...hier om bestanden toe te voegen.)


Examenvragen

(Klik hier om examenvragen toe te voegen.)

Examenvragen '12- '13

(Dit was niet van Prof. Vercauteren)

1. een p-waarde kunnen uitleggen

2. een negatieve Beta uitleggen

3. een positieve interactieterm verklaren

4. Survival analyse: uitleggen hoe je na een Logrank / Wilcoxon test kan zien waar het verschil precies zit.

Examenvragen '13- '14

A. 12 stellingen in verband met theorie, juist/fout (met giscorrectie, geen verklaring geven):

-Bij lineaire regressie moeten de x en y variabele normaal verdeeld zijn met een constante variantie. (fout)

-Een cross-sectional study wordt ook wel eens een cohort study genoemd. (fout)

-Een retrospectieve studie wordt ook wel eens een prevalentiestudie genoemd.

- Voor elke variabele dat je toevoegt zal R2 altijd toenemen. Enkel deze die de ResMs verlagen moeten in rekening gebracht worden.

-Een positieve confounder geeft een gecorrigeerde OR dat hoger is dan de niet-gecorrigeerde OR.

-Voor data die niet normaal verdeeld of ordinaal zijn kan men de niet-parametrische Kruskall-wallis test gebruken

-... (6 ptn)

B. 10 oefeningen (basisoefeningen, regressielijn opstellen, correlatie berekenen, hypothese-testen uitvoeren,...) (5 ptn)

C. Eén grote oefening die je wel helemaal moet uitschrijven: ging over 4 groepen die elk op een andere manier behandeld werden voor hun bloeddruk (kregen tips voor gewichtsvermindering en meditatie, tips enkel voor gewichtsvermindering, tips enkel voor meditatie of geen tips). Dan moest je eerst een algemene test uitvoeren om te zien of de gemiddelde veranderingen significant verschillend waren. Vervolgens kijken of gewichtsvermindering een effect had mbv een lineair contrast (groepen die tips kregen over gewichtsvermindering vergelijken met groepen die deze niet kregen). En dan nog eens naar dat lineair contrast kijken met Scheffé correctie. (5 ptn)

Examenvragen '15- '16

A. 3 oefeningen met deelvragen elk op 1p (korte antwoorden)

Vb: Eenvoudige regressie waar je Lxx, Lyy en Lxy moest berekenen om een regressielijn op te stellen. Je krijgt een gemiddelde x → wat is de voorspelde y + CI? Zowel F- als t-test uitvoeren. De F- en t-verdeling tekenen en de kritieke waarde en p-waarde aanduiden op de grafiek.

Vb: oefening op correlatie


C. 1 oefening waar je de berekeningen moet uitschrijven (deelvragen elk op 2p)

Vb: ANOVA met 4 soorten vogels, gemiddelde vleugellengte, de fout op de vogellengte en het aantal in de soort gegeven. → algemene test doen, specifiek 2 groepen vergelijken, bonferroni correctie gebruiken, lineair contrast opstellen en testen. Daarna nog eens testen maar nu met Shefflé correctie.


B.12 theorievragen (juist = +1, niets invullen = 0, fout = -1/2)

Bij een simpele regressie moeten x en y normaal verdeeld zijn en een constante variantie hebben.

De kans dat een test-waarde minstens zo extreem is als de waarde in de steekproef, op voorwaarde dat H0 klopt. (juist)

Een cross-sectional studie word ook wel een cohort studie genoemd. (fout)

Een retrospectieve studie word ook wel een prevalentie studie genoemd. (fout)

Iets over type I SS

Stelling over ANCOVA

Met een log-rank test kan je kijken of twee overlevingscurves significant verschillen. (juist)

Een positieve confounder zorgt ervoor dat de adjusted OR groter is dan de originele OR. (fout)

Als de confounder onderdeel is van de causale pathway moet je stratificiëren (fout)

Examenvragen '16-'17

1) output R van multiple lineaire regressie: - Hierbij F-waarde met bijhorende kritieke waarden + p-waarde + grafisch schetsen. -Hetzelfde voor twee t-waardes. - een confidence interval voor bepaalde beta - bepaalde situatie invullen in vergelijking en zo verschil berekenen tussen 2 personen

2) output R van multiple logistische regressie: - OR bepalen + bijhorende CI - kans bepalen dat persoon ziek werd

3) Incidentierates bepalen + grafisch schetsen

   Specificiteit, sensitiviteit, vals positief en vals negatief berekenen 

3) survival propabilities berekenen en de curve schetsen

4) theorie vragen: juist/fout (letterlijk vanuit de cursus) • Cross-sectioneel is cohort

• Ancova is relatie tussen continue outcome en 1 of meerdere variabelen en 1 of meerdere continue variabele

• Type III SS

• Positieve cofounder: stijgt gecorrigeerde OR

• Log-rank test: significant verschil tussen twee overlevingscurve berekenen

• Confounder in een causal pathway moet je niet corrigeren

• incidentie ratio’s die verschillen doorheen de tijd noemen ook wel hazard rates

• two sample t-test (waarmee je 2 gemiddelden vergelijkt van 2 groepen) kan je schrijven als een lineair regressiemodel y = alfa + bèta x, waar x = 0 als het over groep 1 gaat en x = 1 als het over groep 2 gaat.

• Type I SS bij ANOVA is het model nakijken nadat je gecorrigeerd hebt voor de andere variabelen


Examen 17-18

Stelling ANCOVA

Berekenen sensitiviteit

variabiliteit uit een output lezen, F-test en T test op uitvoeren (en tekenen)

Je krijgt een output en cut-off (0,5) en gegevens die je moet invullen → nagaan of persoon bij je model hoort

Verschil tussen ANOVA en twee-zijdige t-test uitleggen

grote vraag zoals bij de oefeningen van amerikaans dieet en vegetariërs: Scheffé t-test uitvoeren en significantie nagaan berekenen hazard ratios (zie slides, hetzelfde als bij de rokers die hervallen)

Zelfde oefening als in cursus waarbij je F test moet uitvoeren op vleugellengte van verschillende vogels. (Welke test, voer test uit, grafische weergeven,wat kan je hieruit besluiten?)

Hoeveel kans op type I fout als je 8 groepen allemaal met elkaar wilt vergelijken?

multiple regressie model: 2 groepen met elkaar vergelijken → hoeveel verschil zit er tussen groep 1 met die gegevens en groep 2 met die gegevens